C'est l'ensemble des fichiers qui permettent à l'utilisateur de configurer et compiler le noyau. Les programmes de configuration vont lire le fichier config.in de l'architecture pour laquelle on construit le noyau ainsi que les fichiers inclus. Après configuration, un fichier .config est écrit à la racine de l'archive. Il contient toutes les variables correspondant aux options qui ont été activées ainsi que leur valeur : ``y'' pour une option activée, ``m'' pour une option à compiler en tant que module, ou encore parfois des valeurs (entiers, chaînes de caractères).
Ces variables sont définies pour être utilisées à la fois dans les Makefiles ($(CONFIG_EXT2)) et comme variables d'environnement et comme macros dans les sources (#ifdef CONFIG_EXT2).